"Naxçuan", "Naxcuan" və ya "Naqşecahan" adlanmışdır. Bir sıra fars və türk mənbələrində Naxçıvan "Nəqşicahan" kimi göstərilir. Şəhəri yunanca "Naksuana", pəhləvicə "Naxçıvan", ərəbcə - "Nəşəva" və ya “Akçıvan”-Naxçıvan-Oğuz ağ ərənlər vətəni kimi mənalandıranlar da vardır. Son tədqiqatlar Naxçıvan sözünün mənşəyini elam dilindəki "Nahhunte" sözü ilə əlaqədar izah edirlər.

Naxçıvan Yaxın Şərqin ən məşhur qədim şəhərlərindən biridir. Onun 3500 ildən çox yaşı vardır. Naxçıvan haqqında ilk yazılı məlumata Klavdiy Ptolemeyin "Coğrafiya" əsərində (m.ö. II yüzillik) rast gəlinir. Böyük karvan yolunun üzərində yerləşən Naxçıvan şəhəri miladın III yüzilliyində sasanilər tərəfindən dağıdılmışdır. Burda VI yüzilliyin birinci yarısından VII yüzilliyin birinci yarısına qədərki dövrdə sasanilərə məxsus zərbxanalarda üzərində "Naxçıvan" sözü yazılmış gümüş pullar kəsilmişdir.

Naxçıvan VII yüzilliyin I yarısında Naxçıvan Bizans imperatoru İraklinin hücumuna məruz qalmışdır. 654-cü ildə ərəb əmiri Həbib ibn Məsləmə Naxçıvanı zəbt etmişdir. Şəhər inzibati cəhətdən xilafətin 3-cü əmirliyinə daxil edilmişdir. IX yüzilliyin əvvəllərindən ərəblərə qarşı xürrəmilər adlı xalq hərəkatı başlayanda xürrəmilərin əsas dayaq nöqtələrindən və hərbi düşərgələrindən biri Naxçıvan şəhəri idi. IX-X yüzilliklərdə Naxçıvan Sacilər və Salarilər dövlətlərinin tərkibində olmuşdur. XI əsrin ortalarından Naxçıvan səlcuq sultanlarının ixtiyarına verildi. Səlcuq hökmdarı Toğrul bəyin varisi Alp Arslan 1064-cü ildə Naxçıvanı ələ keçirmişdir.

Atabəylər və Elxanilər hakimiyyəti dövründə Naxçıvan Gəncədəki Səlcuqlu dövlətinin bir valisi olan Şəmsəddin Eldənizin 1136-cı ildə bölgəyə hakim olması ilə Atabəylər dönəmi, daha doğrusu Eldənizlər dövrü başlamışdır. XII yüzilliyin ortalarında Naxçıvan Eldənizlər dövlətinin tərkibində idi. Bu dövrdə Naxçıvan Atabəylər dövlətinin əsas ticarət və sənətkarlıq mərkəzinə çevrilmişdi. Şəhər 1221-ci ildə Çingiz ordularının hücumuna məruz qalmış, xeyli dağıntılar olmuşdur. Monqolların hücumundan sonra Naxçıvan 1225-ci ildə Xarəzmşah Məhəmmədin oğlu Cəlaləddin Mənqiburinin hakimiyyətinə tabe olmuşdur. 1386-cı ildə Teymurləngin qoşunlarının hücumu zamanı Naxçıvanın təsərrüfat həyatına və maddi mədəniyyətinə ziyan dəymişdir.

XV əsr Qaraqoyunluların və Ağqoyunluların hakimiyyəti zamanında Naxçıvan daha da inkişaf etmişdi. Səfəvi xanədan-lığının siyasi yüksəlişi 1501-ci ildə Şeyx İsmayılın Naxçıvanda Ağqoyunlu ordusunu məğlub etməsi ilə başlanır. Şərur düzün-də qızılbaşların Ağqoyunluların üzərindəki qələbəsindən sonra Naxçıvan səfəvilərin hakimiyyətinə keçdi. Nadir şahın dövrün-də Cüxur-Səd-Naxçıvan bəylərbəyiliyi də ləğv edilərək Azər-baycan adı altında vahid inzibati bölgüyə daxil edildi. 1747-ci ildə Nadir Əfşar sui-qəsd nəticəsində öldürüldükdən sonra Azərbaycanda iyirmiyə qədər müstəqil feodal dövlətlər - xanlıqlar yarandı.

XVIII əsrin ortalarında kəngərli tayfa başçısı Heydərqulu xan özünü Naxçıvanın xanı elan etmişdir. Naxçıvan xanlığına Naxçıvan, Şərur, Ordubad, Mehri, Qafan və başqa əyalətlər daxil idi. 1787-ci ildə Naxçıvanın xanı Kəlbəli xan oldu. Xanlıqlar dövründə Naxçıvanda bir qədər dirçəliş baş verdi. Birinci Rusiya-İran müharibəsi (1805-1813) illərində Naxçıvan xanlığı Gülüstan müqaviləsinə görə İranın hakimiyyəti altında qalmışdı. İkinci Rusiya-İran müharibəsi (1826-1828) gedişində - 1827-ci ildə rus ordusu Naxçıvanı tutmuşdu. Naxçıvan xanlığının zorla Rusiyaya birləşdirilməsi 1828-ci ildə Rusiya və İran arasında bağlanan Türkmənçay müqaviləsi ilə başa çatdırıl-mışdı.

1905-ci ildən başlayaraq Naxçıvanda da ermənilərlə azərbaycan-lılar arasında qırğın baş vermişdi. 1917-ci ildən ermənilər Naxçıvana ərazi iddiaları ilə çıxış etmişlər. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti (AXC) dövründə Naxçıvan (1918-1920) 1917-ci il fevral-burjua inqilabından sonra, aprelin 15-də Bakıda Qafqaz müsəlmanlarının qurultayı keçirilmiş, uzun mübahisədən sonra Məhəlli federasiyası yaradılması ideyası qəbul olunmuşdur. Həmin ilin yayında Naxçıvan diyarında müvəqqəti hökumətin yerli hakimiyyət orqanları yaradılmışdı. 1918-ci ilin əvvəllərində erməni daşnaklarının silahlı dəstələri Naxçıvanda qırğınlar törətdilər. Bakı daşnakların və eserlərin əlində olduğu bir şəraitdə Naxçıvan Milli Komitəsi real köməyi yalnız Türkiyədən ala bilərdi. Xəlil bəyin başçılığı ilə türk qoşunları Naxçıvanın köməyinə gəldi. 1918-ci ilin noyabrında Araz Türk Respublikası yarandı. Paytaxtı Naxçıvan şəhəri olan bu Respublikanın ərazisi 16.000 kv.km -ə, əhalisi isə 1 milyon nəfərə yaxın idi. Hüdudları Naxçıvan, Şərur-Dərələyəz, Ordubad qəzalarını, habelə Sərdarabad, Uluxanlı, Vedibasar, Qəmərli, Meğri və başqa regionları əhatə edirdi. Türkiyənin birinci dünya müharibəsində məğlubiyyəti Mudros müqaviləsinin (1918) şərtlərinə görə türk qoşunlarının Azərbaycandan, o cümlədən Naxçıvandan çıxarılmasına səbəb oldu.

Sovetlər Birliyi dövründə Azərbaycanda bolşeviklər hakimiy-yətə gəldikdən sonra - iyulun 28-də Naxçıvan Sovet Sosialist Respublikası yaradıldı. Ali orqan olan Naxçıvan İnqilab Komitə-si təşkil olundu. İnqilab Komitəsi Naxçıvanı Azərbaycanın ayrılmaz hissəsi elan etdi. Moskvada bağlanmış “Moskva və Qars müqavilə”lərinə əsasən Naxçıvanın üçüncü bir dövlətə güzəştə gedilməməsi şərti ilə Azərbaycanın himayəsinə veril-məsi qərara alındı. Naxçıvan ərazisinin qorunmasında Moskva və Qars müqavilələrinin mühüm əhəmiyyəti olmuşdur. Sovet-lər Birliyi dövründə Naxçıvanın bir sıra ərazisi Ermənistana verilmiş, qonşu Türkiyə Cümhuriyyəti ilə iqtisadi, siyasi və mədəni əlaqələrin qarşısı alınmışdır.

Azərbaycan və onun ayrılmaz tərkib hissəsi olan Naxçıvan Muxtar Respublikası (NMR) istiqlaliyyət qazanmaq üçün uzun müddət mübarizə aparmışdır. 1990-cı ildə Naxçıvan Muxtar Sovet Sosialist Respublikasının (NMSSR) Ali Soveti “Moskva və Qars müqavilə”lərini əsas götürərək SSRİ-nin tərkibindən çıxmaq barədə qərar qəbul etdi. Bu, faktiki olaraq SSRİ-nin süqutunun başlanğıcı idi. 1990-cı ildən sonrakı siyasi proseslər Dağlıq Qarabağ ətrafında başlanan hadisələr Naxçıvanda da öz əks-sədasını tapırdı. Bu dövrdə Naxçıvanın vəziyyəti daha ağır idi. Onu ermənilər tərəfindən işğal təhlükəsi gözləyirdi. 1990-cı il iyulun 22-də möhtərəm Heydər Əliyevin Moskvadan Naxçı-vana gəlməsi bu regionu xilas etdi.

Fəal siyasətə qayıdan Heydər Əliyev Azərbaycan və Naxçıvan parlamentlərinə deputat, 1991-ci ilin sentyabrında isə Naxçıvan MR Ali Məclisinə sədr seçildi. Heydər Əliyevin qətiyyəti və siyasi iradəsi sayəsində Naxçıvan parlamenti tarixdə ilk dəfə olaraq milli dövlətçilik ənənəsinin bərpası istiqamətində taleyüklü addımlar atdı. Üç rəngli dövlət bayrağı qəbul olundu. Bayraq və digər müstəqillik atributları barədə qanunvericilik təşəbbüsü qaydasında Azərbaycan Ali Soveti qarşısında məsələ qaldırıldı. Ermənistan tərəfindən blokadaya alınan Naxçıvan Muxtar Respublikasınının (NMR) yaşaması üçün İran və Türkiyə ilə əlaqələrin yaxşılaşmasına xüsusi diqqət yetirildi. 1992-ci ildə Azərbaycana bağlı Naxçıvan MR ilə Türkiyə və İran arasında protokollar imzalandı, Araz çayı üzərindən körpülər salındı. Naxçıvan Muxtar Respublikasının (NMR) təhlükəsizliyi ilə əlaqədar konkret tədbirlər görüldü.

Naxçıvan bu gün dinamik inkişaf edən qədim Azərbaycan torpağı, türk yurdudur.