Bu dövrlərdə bütün Azərbaycanda, o cümlədən onun ayrılmaz hissəsi olan Naxçıvanda xalqın azadlıq uğrunda apardığı mübarizəni qələbə ilə başa çatdırmaq üçün siyasi təcrübəyə, diplomatik qabiliyyətə malik rəhbər lazım idi. Belə bir rəhbər Azərbaycan görkəmli dövlət xadimi Heydər Əliyev oldu.

Heydər Əliyev 1990-cı il iyulun 20-də Moskvadan Bakıya, iyulun 22-də isə doğulduğu Naxçıvana gəlmişdir. 1990-cı il 21 avqustda Naxçıvan Muxtar Sovet Sosialist Respublikasının (MSSR) Ali Sovetinin Rəyasət heyəti Heydər Əliyevin Naxçıvan MSSR vətəndaşlığı barədə qərar qəbul etmişdir. 1990-cı il 30 sentyabr seçkilərində o, Nehrəm seçki dairəsindən Azərbaycan SSR-nin xalq deputatlığına, Naxçıvan Alt Trikotaj Fabriki kollektivi tərəfindən isə Naxçıvan MSSR-in xalq deputatlığına seçilmişdir.

1990-cı ilin noyabr ayının 17-də 12-ci çağırış Naxçıvan MSSR-in Ali Məclisinin ilk sessiyası Heydər Əliyevin sədrliyi ilə keçirilmişdir. Həmin sessiyada çox mühüm qərarlar qəbul olunmuşdur. Sessiya Naxçıvan Muxtar Sovet Sosialist Respubli-kasının adını dəyişdirərək Naxçıvan Muxtar Respublikası adlandırmağı qərara almışdır. Naxçıvan MSSR Ali Sovetinin adını dəyişərək Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisi adlandırılması, Azərbaycan Respublikasının milli istiqlal rəmzi olan üçrəngli dövlət bayrağının bərpası, onun Naxçıvan Muxtar Respublikasının dövlət bayrağı kimi qəbul edilməsi haqqında qərarlar qəbul olundu.

Naxçıvan Muxtar Respublikasının Аli Məclisi Azərbaycan SSR Ali Sovetinin qarşısında həmin bayrağın bütünlükdə Azərbay-canın rəsmi dövlət rəmzi kimi tanınması haqqında vəsatət qaldırdı. Naxçıvan MR Аli Məclisinin birinci sessiyasında müzakirə olunan ən mühüm məsələlərdən biri də 1990-cı il 20 yanvar faciəsinə verilən siyasi qiymət idi. 1990-cı il 21 noyabr ayında Naxçıvan MR Ali Məclisi Heydər Əliyevin işləyib hazırladığı "1990-cı ilin yanvar ayında Bakı hadisələrinə siyasi qiymət verilməsi haqqında" qərar qəbul etmişdir.

1990-cı il 14 dekabr ayında Naxçıvan MR Ali Məclisi deputat Heydər Əliyevin hazırladığı "Azərbaycan SSR-in Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayətində, Şaumyan rayonunda və Xanlar rayonunun Çaykənd kəndində yaranmış vəziyyətə münasibət haqqında" qərar qəbul etmişdir.

1991-ci il 3 sentyabrda Naxçıvan MR Ali Məclisinin fövqəladə sessiyası çağırılmışdır. Həmin sessiyada Heydər Əliyevi yekdilliklə Ali Məclisin sədri seçilmişdir.

Oktyabrın 26-da keçirilən Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali məclisinin sessiyasında Naxçıvanda 7 noyabr bayramının (keçmiş SSRİ-də keçirilən Oktyabr inqilabı günü) ləğv edilməsi haqqında da qərar qəbul olundu.

Heydər Əliyevin Naxçıvandakı fəaliyyətində ən uğurlu cəhət-lərdən biri də Dünya Azərbaycanlılarının həmrəylik və birlik günü haqında fərman verməsi olmuşdur. 1991-ci il 29 oktyabrda Heydər Əliyev ciddi səyi ilə başa gəlmiş Naxçıvan Muxtar Respublikasının Sədərək rayonunda Azərbaycanla Türkiyə arasında Araz çayı üzərindən salınmış müvəqqəti körpünün rəsmi açılış mərasi olmuşdur. 1992-ci il 22-25 martda Türkiyədə Baş nazir Süleyman Dəmirəllə Türkiyə Cümhuriyyəti tərəfin-dən Naxçıvan Muxtar Respublikasına maliyyə, iqtisadi və texniki yardım göstərilməsi barədə, 100 milyon dollar məblə-ğində kredit ayrılması və hər il 100 tələbənin Türkiyədə təhsil almasını nəzərdə tutan birgə Əməkdaşlıq Protokolu imzala-mışdır. 1992-ci il 28 mayda Naxçıvanla Türkiyə arasında Araz çayı üzərində tikilmiş “Ümid” körpüsünün açılışı olmuşdur.

1992-ci il 22-26 avqustda H.Əliyev İran İslam Respublikasına səfər etmiş, ali dini lider Ayətulla Xamneyi və İran İslam Respublikasının prezidenti Əli Əkbər Rəfsəncani və digər rəsmi şəxslərlə görüşmüşdür. Bu səfərin nəticəsi olara Naxçıvan Muxtar Respublikası ilə İran İslam Respublikası arasında müxtəlif sahələrdə əməkdaşlığa dair protokolları imzalamışdır. 1992-ci ildə İran və Türkiyə ilə bağlanmış əməkdaşlıq müqavilə-ləri əsasında, Sədərək, Culfa və Şahtaxtı keçid məntəqələri yaradıldı. Bundan əlavə, Naxçıvan şəhəri yaxınlığında İstilik-Elektrik Stansiyası tikildi.

İran İslam Respublikasından Culfa rayonuna, Türkiyə Respubli-kasının İqdır vilayətindən isə 92 kilometrlik bir məsafədən yüksək gərginlikli elektrik xətlərinin Naxçıvana çəkilməsi başa çatdırıldı ki, bu da Naxçıvanın elektrik enerjisinə olan ehtiyacını əsasən ödəmiş oldu. Beləliklə, 1991-1993 cu illər arasında ümummilli lider Heydər Əliyev Naxçıvandakı hakimiyyəti dövründə Muxtar Respublikanı geniş tərəqqi yoluna çıxarmağı bacardı.